【2025年最新版】フリーランス必読！インボイス制度を徹底解説！

2023年10月から始まったインボイス制度。フリーランスにもさまざまな影響が出ています。
制度がスタートして1年以上が経ち、フリーランスの現場でも対応が進んでいます。制度の内容や対応状況を改めて整理し、自分にとって最適な選択を見直しましょう。

本記事ではインボイス制度の基本と、フリーランスの活動における影響、対応方法について解説します。

インボイス制度によって、仕入税額控除に適格請求書（インボイス）が必要になったよ！
登録できる人とできない人がいるから注意してね！
内容をちゃんと理解して、自分の状況に合った対応を見直していこうね！

1 インボイス制度とは何か
2 インボイス制度における「課税事業者」と「免税事業者」の違いについて
3 インボイス制度が及ぼした影響
4 登録する場合のメリット・デメリット
5 インボイスの登録方法と注意点
6 インボイス制度と確定申告の関係
- 6.1 インボイス登録後の確定申告で変わること
- 6.2 免税事業者との違い
7 まとめ

インボイス制度とは何か

そもそもインボイス制度の詳細が分からないと、具体的な対応を取ることはできません。以下を参考に、インボイス制度の基本についてまずは確認しておきましょう。

インボイス制度とは適格請求書（インボイス）を交付する新制度

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、2023年10月にスタートした新しい消費税制度です。
これにより、仕入税額控除を受けるには「適格請求書（インボイス）」が必要になりました。
これが、従来の仕様から大きく変わったポイントです。

フリーランスや個人事業主にとっても、取引先からインボイスの発行を求められるケースが増えており、制度への対応が避けられないものとなっています。

適格請求書（インボイス）とは

適格請求書（インボイス）とは、「取引内容・税率・消費税額・発行者の登録番号」など、必要な情報が記載された請求書です。
発行するには「適格請求書発行事業者」としての登録が必要で、登録していない事業者はインボイスを発行できません。

2025.04.17

適格請求書発行事業者とは？

適格請求書発行事業者とは、インボイス制度において、適格請求書（インボイス）を発行できる事業者のことを意味します。適格請求書発行事業者でなければ、適格請求書を発行できません。

そのため適格請求書発行事業者でないフリーランスと契約をしている企業は、取引後に仕入税額控除ができず、消費税を納税する必要に迫られます。
適格請求書発行事業者に登録していないフリーランスと取引する企業は、その取引について仕入税額控除を受けられなくなるため、取引継続に影響が出る可能性もあります。

仕入税額控除とは

仕入税額控除とは、売上税額から仕入れにかかった消費税額を控除できる仕組みです。まず売上税額とは、サービスや製品などの売上にかかる消費税を指します。そして、仕入れにかかった消費税とは、食材や部品などにかかっていた消費税のことです。

売上から消費税額分を納め、さらに何かを仕入れる際にも消費税を支払ってしまうと、二重課税になってしまいます。こうした二重課税を防ぐために利用するのが、仕入税額控除です。

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インボイス制度における「課税事業者」と「免税事業者」の違いについて

インボイス制度を理解するには、「免税事業者」についても知る必要があります。以下では、免税事業者の意味やインボイス制度における問題について解説します。

課税事業者と免税事業者の違い

課税事業者とは、年間の売上が1,000万円を超えるフリーランスや個人事業主を指します。課税事業者となる場合、消費税を納税する義務が発生します。一方で免税事業者とは、売上が1,000万円以下の事業者のことで、消費税の納税義務がないのが特徴です。フリーランスの多くが売上1,000万円以下であるため、免税事業者に該当します。

インボイス制度では免税事業者だと「適格請求書」を発行できない

インボイス制度では、免税事業者のままだと「適格請求書発行事業者」になれません。適格請求書発行事業者でないと、取引先から適格請求書の交付を求められても対応できないのが問題です。そのため企業によっては、適格請求書を発行できないフリーランスとの契約を見直すケースが見受けられます。

適格請求書の役割

インボイス制度では、仕入税額控除を受けるために「適格請求書（インボイス）」の保存が必須となっています。制度開始以降、適格請求書が発行された取引でなければ、消費税の控除を受けることができません。

そのため、インボイスを発行できないフリーランスとの取引では、企業側が本来受けられるはずの消費税の控除を適用できず、コストが増える恐れがあります。このような事情から、インボイス未対応の事業者とは取引を見直す動きも見られるようになっています。

インボイス制度が及ぼした影響

インボイス制度が導入されてから約1年以上が経過しました。制度開始前には、特にフリーランスや小規模事業者において、取引の減少や収入の減少、さらには廃業の増加といった懸念が広がっていました。しかし、実際の影響は予想とは異なる面も見られます。

制度導入後の混乱は限定的だった

インボイス制度の導入初期には、取引先の選定や経理業務の複雑化など、多くの懸念がありました。しかし、制度開始から数ヶ月が経過した時点で、予想されていたほどの混乱は起きていないとの報告があります。その理由として、思っていた以上にインボイスに登録した事業者が多かったことや、さまざまな負担軽減措置が導入されたことが理由となっています。

フリーランスの対応状況

制度開始前の調査では、フリーランスの約34%がインボイス制度に対応していると回答しており、対応が遅れている実態が明らかになっていました。また、約31.5%のフリーランスが「対応する予定がない」と回答しており、免税事業者としての立場を選択する傾向も見られました。

取引先との関係への影響

報酬の値下げを一方的に通知されたフリーランス：約3.9%
契約解除を一方的に通知されたフリーランス：約2.2%
報酬が変わらず契約を継続しているフリーランス：約57.5%

参考：日本経済新聞 2024年調査報告

取引先から報酬の値下げや契約解除が一方的に通知されたフリーランスは、予想より少ない割合でしたが、一定数存在したようです。しかし、過半数のフリーランスが報酬に変更なく取引を継続しているという結果も出ているため、影響は一部にとどまっています。

4. 価格転嫁の難しさ

インボイス制度により新たに発生する納税負担分（年間売上1,000万円未満の小規模事業者の場合は約2%）について、発注事業者に価格転嫁できたフリーランスは17.2%にとどまっています。多くのフリーランスが価格転嫁を行っておらず、納税負担を自ら吸収している実態が浮き彫りとなっています。

5. 廃業の増加は限定的

制度導入前には、インボイス制度による廃業の増加が懸念されていましたが、制度開始から約1年以上経過した現在、廃業が急増したという明確なデータは確認されていません。一部のフリーランスや小規模事業者においては、取引の減少や報酬の減額といった影響が見られるものの、全体としては制度への適応が進んでいると考えられます。

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2025.01.08

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登録する場合のメリット・デメリット

インボイス制度に対応するために適格請求書発行事業者として登録するかどうかは、フリーランスにとって大きな選択です。ここでは、登録する場合のメリットとデメリットを整理しておきましょう。

インボイス制度に登録した場合、以下のようなメリットがあります。

登録するメリット

取引先から選ばれやすくなる
信頼性・信用力の向上
将来的な事業拡大に備えられる

適格請求書を発行できれば、取引先はこれまでどおり仕入税額控除を利用できるので、制度導入による悪影響はありません。適格請求書を発行できることで、税務処理の透明性が高くなり、ビジネス上の信頼性がアップします。また、将来的に売上が増えて課税事業者になることを見据えて、早めに制度に対応しておくのも一つの選択肢です。

一方で、インボイス制度に登録した場合は以下のようなデメリットがあります。

登録するデメリット

消費税の納税義務が発生する

事務作業の負担が増える

実質的な収入減になることも

登録することで免税の対象から外れ、売上に応じた消費税を納める必要が出てきます。
また、インボイスの発行・保存、帳簿付けなどの作業が発生し、確定申告の手間がこれまで以上に増える可能性があります。そして、今まで消費税を納税していなかった場合、納税によって手取り額が減る可能性があります。価格に消費税分を上乗せできるかどうかも重要なポイントです。

インボイスの登録方法と注意点

フリーランスはインボイス制度の開始に向けて、注意すべきポイントがいくつかあります。以下では、インボイス制度でフリーランスが注意することを解説します。

インボイス登録に必要なもの

印鑑登録を本人が行う場合は、以下のものが必要になります。

必要な書類

マイナンバー（個人事業主の場合）または 法人番号（法人の場合）

利用者識別番号（オンラインで申請する場合）
適格請求書発行事業者の登録申請書（書面で申請する場合）

オンラインで申請する場合

e-Taxを利用すると、オンラインで手続きを進めることができます。

オンラインでの申請方法

利用者識別番号を取得
e-Taxのサイトから取得（すでに持っている場合は不要）
マイナンバーカードを用意
電子証明書付きのもの（スマホでもOK）
e-Taxにログイン
マイナンバーでログインする
「適格請求書発行事業者の登録申請書」を作成・送信
必要事項を入力し、電子申請で提出

書面で申請する場合

書面で申請することももちろん可能です。

書面の申請方法

申請書をダウンロード
　国税庁のサイトから「適格請求書発行事業者の登録申請書（個人用）」を入手
申請書に必要事項を記入
　名前、住所、開業日、消費税課税区分などを記入
本人確認書類を準備
　例：マイナンバーカード
　※持っていない場合は、通知カード＋運転免許証などでOK
税務署に提出
　郵送または直接持参で提出

インボイス登録の流れ

インボイス登録は、以下の流れで行います。

インボイス登録の流れ

登録申請書を用意する
必要書類を揃える
税務署またはオンラインで申請
登録完了通知を受け取る
適格請求書を発行する準備を整える

インボイス制度の登録方法は簡単に見えますが、税務署とのやり取りや必要書類を整える作業が必要です。早めに準備を始めるとスムーズに進められるでしょう。

2025.04.17

インボイス制度と確定申告の関係

インボイス制度に登録すると、消費税の課税事業者になる＝消費税の申告・納税義務が発生します。
つまり、確定申告で「消費税申告書」の提出も必要になるのが大きなポイントです！

インボイス登録後の確定申告で変わること

項目	内容
必要書類	所得税の確定申告書に加えて、「消費税申告書（課税事業者）」の提出が必要
記帳内容	仕入税額控除の計算のため、取引ごとにインボイスの保存・管理が必要
手間	消費税の納税額を計算しなければならず、会計処理の負担が大きくなる
提出期限	所得税と同様、確定申告の期限までに提出が必要

令和7年分（2025年分）分の確定申告の期間は、令和8年(2026年)2月17日（月）～3月17日（月）まで

関連記事個人事業主の確定申告で消費税は経費にできる？売上税額の計算も解説！

2025.04.11

免税事業者との違い

インボイス登録によって、帳簿の付け方や納税義務が大きく変わります。免税事業者との具体的な違いを押さえておきましょう。

免税事業者の場合	消費税の申告・納税は不要。所得税の確定申告のみでOK。
課税事業者（インボイス登録者）	所得税＋消費税の2種類の申告が必要。